Esta é a pergunta milenar tanto para quem não conhece bem o linux, quanto para aqueles que já são os ditos gurus.
Não sou nenhum gênio ou dono da verdade, consegui com esforço o primeiro nível da LPI, mas ainda tenho muito a aprender. O que posso dizer é apenas baseado em minhas experiências e nas conversas que tenho com outros profissionais que sofreram situações semelhantes ou piores que as minhas.
Costumam me perguntar qual a melhor distribuição linux. Eu normalmente respondo a pergunta com outra pergunta: o que você quer fazer exatamente?
Tomo como forma de análise o perfil de determinadas distribuições quantos aos seguintes aspectos:
* facilidade de uso
* facilidade em atualizações
* estabilidade
* conhecimento e disponibilidade para aprender mais sobre determinada distribuição
* perfil: destop ou servidor
Quando a preocupação é de instalar um servidor, deve-se procurar principalmente pelas características que permitam a ação rápida em caso de problemas, a facilidade de atualizações críticas de segurança e a flexibilidade principalmente quanto ao hardware.
Existem os tradicionalistas que preferem uma distribuição totalmente personalizada, com kernel compilado "na unha", nada automatizado etc... Em minha experiência como adm de rede, passei por situações apertadas com servidores que possuem restrições de hardware. Quando um servidor pára, o diretor da empresa não quer saber se você está usando determinado kernel porque é compilado com determinados parâmetros de segurança, algoritmo X de criptografia na conexão etc, ele só vai perguntar o seguinte: "em quantos minutos o sistema volta a funcionar?"; e quando voltar a funcionar, vai provavelmente perguntar: "porque aconteceu isso?", se você não souber uma das respostas, pode ter certeza que seu emprego corre perigo.
Então, o critério que adoto é: servidor -> facilidade em detecção de hardware, principalmente placas de rede e facilidade de atualização, além de ser estável, não sofrendo mudanças radicais. Tomarei como exemplo algumas distribuições mais conhecidas, sem tirar o mérito de cada projeto logicamente.
Servidor -- indico debian e ubuntu (LTS), devido às suas características de durabilidade quanto ao suporte de atualizações, pois algumas distribuições como por exemplo Fedora e Opensuse costumam sofrer alterações de versão que são muito rápidas, por um lado é bom para o projeto que se mantém atualizado com o mercado, mas um terror para os Adm de rede, pois em um prazo de no máximo 2 anos aquela distribuição que foi utilizada para instalar o firewall não será mais atualizada, correndo o risco de sofrer ataques baseados em fraquezas do sistema após o último dia que pôde atualizar.
desktop -- mais flexível neste ponto, pode-se utilizar diversas distribuições, pois um desktop não possui aplicações de missão crítica, podendo formatar a cada 6 meses sem maiores problemas, Debian e Ubuntu sugiro por serem mais fáceis de atualizar, mas OpenSuse e Fedora são muito boas também, inclusive o visual delas está muito melhor e caprichado.
O ideal para escolher uma distribuição é testar as diversas que existem e avaliar de acordo com suas necessidades o que se aplica melhor. Tem ainda que avaliar os requisitos, se por exemplo há necessidade de utilizar algum software que precise de uma distribuição por obedecer a homologação do mesmo, então não tem muita alternativa, pode até fazer funcionar o software mediante adaptações, mas correrá o risco de enfrentar problemas e o suporte daquele software não lhe dar muito apoio por estar fugindo ao padrão determinado por eles.
Um exemplo disso é o gerenciador de banco de dados DB2 da IBM, ele homologa o ambiente de produção onde exista um servidor com o Red Hat Enterprise ou o Suse da Novell, caso contrário não há suporte disponível.
Sendo assim, não tem como dizer qual distribuição é melhor, mas sim analisar aquela que melhor se adapta às suas necessidades.